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然而，平静的日子并未持续太久。立冬那日，镇西突然爆发痢疾，染病者上吐下泻，昏迷不醒。王宁带着林婉儿挨家挨户诊治，发现患病者都食用过集市上的廉价莲子羹。“这些莲子...不对劲。”林婉儿掰开一颗病家剩下的莲子，莲心处泛着诡异的青黑色，“倒像是用发霉莲子熏硫处理过的。”
消息传开，百草堂再度被恐慌笼罩。孙玉国虽已伏法，可假药的阴魂仍在游荡。王宁召集镇民在药铺前商议，突然瞥见人群中闪过一角熟悉的粗布衣角——是郑钦文的儿子，那个总爱偷溜进药铺看药书的少年。
“等等！”王宁叫住少年，“你父亲...出事那晚，可曾与你说过什么？”少年攥紧衣角，犹豫许久才低声道：“爹说...说孙掌柜还有个‘替身’，藏在邻镇的药行...”话音未落，人群炸开了锅。王宁与林婉儿对视一眼，立刻收拾行囊前往邻镇。
寒风呼啸的山道上，两人追踪线索找到了“济生堂”。药铺后院的地窖里，堆积如山的霉变莲子正在熏硫，刺鼻的气味令人作呕。而站在烟雾中的，竟是个与孙玉国容貌相似的孪生兄弟！“孙家世代双生子，一个台前经商，一个幕后制毒。”那人摘下人皮面具，露出与孙玉国如出一辙的面孔，“可惜我那蠢货哥哥，为了赚钱连命都不要。”
一场恶斗在狭小的地窖展开。林婉儿的采药刀划破毒贩衣袖，王宁则趁机踢翻熏硫的炭盆，滚滚浓烟中，毒贩被呛得涕泪横流，最终被赶到的捕快擒获。当众人抬出那些害人的霉变莲子时，天边已泛起鱼肚白。
春去秋来，又一年荷花开遍池塘。百草堂的匾额下，多了块崭新的木牌——“药材真伪公示栏”，上面详细记载着鉴别莲子优劣的方法。王宁站在药柜前，看着学徒们仔细分拣莲子：饱满圆润者入药，稍有瑕疵的则熬成免费的莲子粥，供给贫苦百姓。
钱多多如今成了百草堂的药材顾问，每日带着年轻伙计去产地验货。那日，他在集市上发现有人售卖染色假莲子，立刻带着人追了三条街。当他气喘吁吁地将假药送到王宁面前时，王宁笑着拍了拍他的肩膀：“老钱，这颗‘心’，总算是洗干净了。”
深夜，王宁独自坐在书房。案头摆着父亲留下的医书，书页间夹着朵干枯的莲花。窗外，荷塘里的莲子在月光下泛着柔光，仿佛在诉说着这个小镇与药材的不解之缘。他提笔写下：“药有君臣，人有善恶，惟存仁心，方得始终。”
晨光再次照亮百草镇时，王宁推开药铺大门。门外，镇民们自发送来新采的莲子，竹筐里还压着张字条：“王大夫，这是俺们自家园子种的，比金子还干净！”望着那些质朴的笑脸，王宁知道，这场关于莲子的纷争，早已化作中医药传承路上的基石，而百草堂的药香，必将世代永续。
