一小队中国士兵依托牌坊进行最后抵抗，机枪扫射声持续了约一刻钟，最终归于沉寂。
下关江边，混乱在黎明前就已达到顶点。自12月12日晚唐生智下达撤退命令后，这座原本作为最后生路的码头，变成了人间炼狱。
江岸上，数以万计的军民挤作一团。有人试图用门板制作简易木筏，有人将箱子里的银元抛入江中减轻负重。停泊在江心的\"京电号\"小火轮已经超载，甲板上的人群像沙丁鱼般拥挤。
\"让我上去！我是八十八师的！\"一个腿部负伤的军官挥舞着手枪呐喊，但他的声音很快被更大的声浪淹没。突然，紫金山方向的日军炮兵开始向江面齐射，一枚炮弹正中\"京电号\"船尾，腾起的火光映红了江面。
上午8时，日军第六师团的部分部队抵达下关。他们在江岸一字排开，轻重机枪向江中密集扫射。江水逐渐被染成暗红色，顺流而下的尸体在回水湾处堆积成令人触目惊心的浮岛。
幸存者张永顺在回忆录中描述：\"我趴在一条翻倒的木船后面，看见一个年轻母亲抱着婴儿在江水中沉浮。她试图把孩子举过头顶，但一个浪头打来，两人都消失了。江面上漂浮的军帽、布鞋、行李箱，像是一场盛大葬礼的纸钱。\"
并非所有人都选择了逃亡。在中山北路的交通部大楼，一支约二百人的守军残部依托钢筋混凝土建筑顽强抵抗。战斗持续到下午1时，日军最终调来平射炮直接轰击大楼立面。
当日军冲进倒塌的建筑时，发现在二层的一个房间里，十余名中国士兵已经拉响手榴弹自尽。墙上用炭笔写着：\"南京虽陷，精神不灭。\"
傍晚5时，南京全城基本停止有组织的抵抗。但零星的枪声仍在暗巷中不时响起——那是溃散士兵在做最后的抗争。
在城南的一处民宅里，绸缎商李老板点亮最后一根蜡烛，对家人说：\"把值钱的东西都埋进后院吧。从明天起，我们只能靠自己了。\"他的小女儿不明白发生了什么，还在玩着手中的布娃娃。
入夜后，南京城陷入诡异的寂静。只有日军巡逻队的皮靴声在空荡的街道上回响，还有从某些角落隐约传来的哭泣声。长江依旧在黑暗中流淌，带着无数冤魂向东而去，江风中夹杂的血腥气，预示着一个更加黑暗的黎明即将到来。
