节节败退，但仍有部分倭寇负隅顽抗，且与海外势力勾结，企图获得支援。洪承畴通过情报网络得知这一消息后，急忙进宫奏报朱由检。“陛下，倭寇与海外势力勾结，恐有变数。当务之急，需切断他们的联系，防止海外援兵到来。”
朱由检沉思片刻后说道：“洪爱卿，你速与沿海水师将领商议，加强海上巡逻，封锁海域，绝不能让倭寇的援兵登陆。”
洪承畴领命后，立刻前往沿海水师营地。他与水师将领们商议道：“如今倭寇与海外勾结，我们水师责任重大。必须加大巡逻力度，设置多层防线，一旦发现可疑船只，立即拦截。”水师将领们纷纷表示：“大人放心，我等定不辱使命！”
在明军的严密封锁下，倭寇的海外援兵始终无法靠近。而孙传庭率领的陆军继续对残余倭寇进行清剿。经过一番艰苦战斗，终于将倭寇的主要据点全部拔除，大部分倭寇被歼灭，少数倭寇乘船逃窜。
孙传庭向朱由检奏报：“陛下，倭寇主要势力已被剿灭，然仍有部分漏网之鱼，臣请求继续追击，彻底根除祸患。”
朱由检回复道：“孙爱卿，此次剿倭，你战功卓著。但不可掉以轻心，务必将残余倭寇一网打尽，确保沿海永享太平。”
孙传庭领命后，继续率领大军追击逃窜的倭寇。在沿海水师的配合下，经过数天的追击，终于将最后一批倭寇歼灭。
沿海地区的百姓听闻倭寇被彻底剿灭，欢呼雀跃。他们纷纷来到军营，向明军献上食物和酒水，表达感激之情。
杨嗣昌看着百姓们的热情，感慨道：“此次剿倭能如此顺利，离不开百姓的支持。我们当继续为百姓谋福祉，让沿海地区繁荣起来。”
洪承畴点头道：“不错，同时我们也应加强海防建设，防止类似的叛乱再次发生。”
孙传庭说道：“两位大人所言极是，我等当向陛下奏明，在沿海地区增派兵力，修建更坚固的防御工事。”
三人商议完毕后，进宫向朱由检奏报。朱由检听后，欣慰地说：“诸位爱卿此次剿倭，功在社稷。就按你们所言，加强海防建设，安抚百姓，让沿海地区重现生机。”
