也多有私下信奉者：程普曾为患病的母亲向于吉求符水，黄盖则在出海作战前，暗中请于吉为士兵祈福。
这种“民心皆向于吉”的景象，渐渐引起了孙策的警觉。
孙策此人，少年英武，十五岁随父征战，二十一岁继父业平定江东，性情刚猛且极具掌控欲，向来不信鬼神之说。
他曾对左右谋士言：“此子（于吉）妖妄，能惑众心，若久留之，必乱我江东人心。”
其麾下长史张昭曾劝谏：“于吉虽为方士，然其行止无过，且深得百姓爱戴，若杀之，恐失江东民心，不利于日后霸业。”
孙策却不以为然，反驳道：“民心当向我孙氏，而非向一术士！他能使诸将不顾君臣之礼，能使百姓为其奔走，此乃隐患，不可不除。”
彼时孙策刚经历与庐江太守刘勋的战事，麾下将士多有伤亡，军中士气稍显低落。
而于吉却在此时前往丹徒（今江苏镇江）军营附近布道——丹徒是孙策的军事重镇，驻军多达万人，不少士兵因思念家乡、畏惧战事，竟偷偷离营，前往于吉的草棚求符水“保平安”，甚至有校尉级别的军官也参与其中。
此事被孙策得知后，他怒火中烧，当即命人将于吉逮捕入狱，理由是“擅入军镇，惑乱军心”。
于吉入狱的消息传开后，江东百姓哗然——吴郡百姓自发组织请愿队伍，手持香烛，聚集在孙策府邸前，请求释放于吉；会稽郡的士绅则联名上书，愿以家财赎其罪，甚至有人表示“愿代吉受刑”。
就连孙策的母亲吴夫人（吴太夫人）也亲自向孙策求情：“于先生在江东多年，治病救人，未有恶行，你为何要将他关押？军中将士多有受其恩惠者，杀之恐寒将士之心。”
孙策却态度坚决：“母亲有所不知，此人身怀妖术，能操纵民心，若不除之，日后必为大患。昔年张角以太平道聚众数十万，祸乱天下，今日于吉虽无反心，但其影响力不亚于张角，我岂能重蹈覆辙？”
吴夫人虽再三劝阻，却未能改变孙策的心意。
于吉在狱中并未怨天尤人，反而保持着平和的心态。
狱卒因敬重于吉的为人，常暗中给予优待：为他送来温热的米粥，帮他打扫牢房，甚至允许他在狱中焚香静坐。
若有狱友患病（彼时监狱卫生条件恶劣，痢疾、疥疮频发），于吉便会传授简单的调息养气口诀，教他们以手指按压穴位缓解疼痛，竟也有不少人因此好转。
这种“身陷囹圄仍济世”的举动，更让百姓坚信其“仙人”身份，也让孙策的杀意愈发坚定——他深知，于吉的声望已足以撼动自己在江东的统治根基，即便其无反心，也断不可留。
建安五年四月壬寅日，孙策决定将于吉押至吴郡闹市处斩，以“儆效尤”。
临行前，孙策亲自前往监狱提审于吉，想看看这位“仙人”在临死前是否会露出恐惧之态。
面对孙策的质问（“你可知罪？”），于吉平静地回答：“我一生行医布道，未害一人，未取一钱，何罪之有？将军若杀我，恐有不祥之事。然我亦知将军忧心江东安危，若能以我之死换江东太平，我亦无憾。”
孙策闻言，冷笑一声：“妖言惑众！今日我便斩了你，看天能奈我何！”
随后命人将于吉绑于闹市中的木桩之上，准备行刑。
关于于吉临刑时的情景，不同史料的记载差异极大，也为这段历史增添了几分传奇色彩。
据东晋干宝《搜神记》卷一记载，于吉临刑时，“天忽大风，云气晦冥，白日如夜，江水涌溢，岸上百姓皆哭拜，呼‘仙人’不止”。
刽子手见此异象，吓得双手发抖，刀都掉在了地上，竟无人敢举刀行刑。
孙策怒不可遏，亲自夺过侍卫手中的环首刀，大步走到于吉面前，厉声喝道
