而面对马歇尔的困境，荷鲁斯则是提出了一个解决方案：主动分裂军团，让每个派系自由发挥，用实际情况来证明究竟哪一个才是最好的。
最终，马歇尔被原体说动了，也正是在这个时候，一个叫尼采的第二军团战士团结了一大批新锐士兵，要求举行新一届【会议】，马歇尔最终决定，两件事情在这一次同时处理。
在一个叫太阳之死的星系，第二军团新一届的【会议】举行了。
而尼采的发言震惊了所有人。
这位战士在发言中抨击了帝皇：他宣称军团的困境都是帝皇所为，人类之主显然在暗中助长军团的内部分裂，而一路上遭遇的无数强敌与补给困难也是帝皇的暗中软刀子。
尼采宣称，人类之主的目的非常的明显，就是要让第二军团成为他手中那条半死不活的饿狼：无论是接下来得到了帮助凤凰涅盘，还是没有援助渐渐消亡，这两种命运如今都被帝皇紧握在手里，且都是合理到让任何人无话可说的。
半死不活，这就是帝皇所渴望的第二军团的状态，伴随着大远征走上正轨，越来越多的原体回归，所有军团的力量也不断的膨胀，人类之主已经不再那么依赖于第二军团的力量了。
但即便如此，尼采却无法解释一点：那就是帝皇为什么要这么做，他为什么要针对第二军团。
由于无法自圆其说，同时，以马歇尔为首的老战士对帝皇的敬仰不可撼动，尼采最终被判为有罪，他和他最坚定的支持者通通被处以流放之刑，这支【失落舰队】就此离开了第二军团的主力，向着银河东北部前进。
【失落舰队】具体有多少阿斯塔特还是一个未知数，但是在它离开后，马歇尔不得不紧急征兵，包括赫克特在内的一批新兵就是这个时候入伍的。
此时，第二军团的人数只有一万到一万五千人左右，而同样在此时，大远征已经开始了五十多年，阿斯塔特战士的总人数已经达到了六七十万人。
【失落舰队】是第一批向帝国汇报冉丹异形二次入侵的帝国军队之一，而尼采本人则是在一次与冉丹的遭遇战中阵亡，但他的追随者们拒绝了回归的命令，他们选出了新的领袖，开始在帝国的边缘区域不断地战斗与探索。
而接下来的会议中，马歇尔试图弥合军团的最后努力也失败了，他不得不拆分了军团，公平的分成了几个舰队，同时向他们下达了三条命令：
一，竭尽全力的完成帝国与帝皇发布的命令，证明第二军团的忠诚与价值。
二，竭尽全力的扩大自身，招募新的士兵与战士，保证军团的存续。
三，尽可能的寻找到原体，因为只有原体的力量与地位能够解决军团的问题。
最终，这个曾经辉煌的军团迎来了自己的分裂，马歇尔率领着军团的主要力量与秘密武器库跟随在荷鲁斯的身边，而分散出来的舰队们则是奔赴了各个战场，其中有一支开往了银河东北部，那里正爆发着全银河最惨烈的战争。
