设置的时候，马千瞩提出了辞呈，“我现在是国务卿，没有理由继续担任军职。恳请执委会批准我的辞呈。”
辞呈随后被批准。穿越集团现在的总参谋长的职位相当于陆海军总司令，职权和影响力都过大，元老们普遍认为这个职务不能由执委会中的强力人物担任。马千瞩过去是计划人民委员，现在是国务卿，再担任总参谋长已经极不合适。
新体制下，总参归属在军务总管管辖下。总参谋部下设置联席会议，各军兵种参谋长、兵种总监参加，主要职能是兵种的协调和进行合作参谋。另将原先的陆军部政治处划归总参谋部，改称总参政治处，负责全军的思想政治和宣传工作陆军和海军执行军政军令分开体制，陆、海军均不设司令官职务。陆军人民委员和海军人民委员不再是原先的司令官的角sè，而是军队的行政首脑。负责管理陆海军的军政；训练作战由陆军参谋长和海军军令部长负责。这个体制可以有效的加强对军队的管理和约束。
由于穿越集团建立起来的军队对物资的消耗极大，对后勤的需求达到了本时空前所未有的新高度，根据军方的建议成立了后勤司令部，执行陆海军联勤管理。同时，为了满足军队规模膨胀的需求，新设训练总监部，负责陆海军新兵训练和劳工军事训练。
原来归属在陆军建制下的特侦队现在被提升为duli机构，直辖于军务总管。实际上是受执委会的直接调遣。执委会指望特侦队除了完成它的本职工作，还要担任执委会的近卫军和军队宪兵的任务。
马甲对把政治保卫总局划分给他有点惊讶。在他看来仲裁庭是法律机构，不需要这样的暴力部门。不过联想到马千瞩是国务卿之后他就明白了――执委会不打算让督公在掌握了jing察之后再掌握“政治保卫”这个最具有杀伤力的部门。
至于仲裁庭的机构组织，马甲按照大家提交的建议搞了一个方案：新成立三个专业法庭：民事法庭、刑事法庭和治安法庭――马甲认为现在jing察直接掌握治安处罚权从长远来看是有弊端的。所以他仿效欧美某些国家的制度专设一个快速审理轻微案件的治安法庭。将原有的海事法院改组为海事－商事法庭，另增设公证处和专门用来收容闲散法学俱乐部人员的“法律顾问办公室”。
