一阵悠扬的笛声，声音空灵仿若来自另一个世界。众人警觉起来，只见一个身着奇异服饰的老者骑着一头三角龙缓缓而来。
“你们为何闯入此地？”老者目光扫过众人和小恐龙。龙翔向前一步说道：“我们只是想寻找一个安全之处保护这只小恐龙。”老者听闻，微微点头，“这小恐龙身上有着特殊的使命，我可以助你们一臂之力。”说完，老者挥动手中的笛子，周围的树木开始移动，形成了一个天然的堡垒。
“在这里，那些邪恶势力难以找到你们。不过，小恐龙长大后要前往远古遗迹解开谜题。”老者说完便骑着三角龙离去。众人感激不已，决定暂居此处，一边守护小恐龙成长，一边探索这片森林的秘密，等待未来前往远古遗迹的那一刻。
日子一天天过去，小恐龙逐渐长大，它的力量也日益强大。一天，森林中突然出现异动，原本平静的湖水开始翻滚冒泡，天空也变得阴沉压抑。众人意识到，这可能是最后的大危机来临了。
原来，之前所有的邪恶势力联合起来，找到了这里。他们包围了这个由树木组成的堡垒。龙翔等人毫不畏惧，带着已经颇具规模的小恐龙站在最前线。
小恐龙发出一声震耳欲聋的咆哮，向着邪恶势力冲去。风龙紧随其后，不断释放强大的风力攻击。阿果发明出了新的武器——能够发射束缚光线的装置，有效限制了敌人的行动。
双方激战正酣之时，小恐龙突然进化，周身散发出耀眼的光芒。它冲向敌阵中心，施展出超强的技能，瞬间消灭了大半邪恶势力。剩下的敌人见状，纷纷逃窜。
战斗结束后，小恐龙达到了可以前往远古遗迹的条件。众人带着它踏上征程。在远古遗迹里，小恐龙凭借自身能力轻松解开谜题，整个恐龙宝贝世界恢复了和平与安宁，而主人公们则成为了英雄。
虽然恐龙宝贝世界恢复了和平与安宁，但主人公们并未因此懈怠。他们深知这个世界还有许多未知等待探索。小恐龙进化之后，拥有了与主人公们心灵沟通的能力。一天，小恐龙告诉他们在遥远的雪山之巅似乎隐藏着一股神秘力量，这股力量或许能让恐龙宝贝世界更加繁荣稳定。于是，他们再次踏上征途。
一路上困难重重，狂风呼啸，暴雪纷飞。但他们相互扶持，勇往直前。当接近雪山之巅时，他们发现有一层结界挡住了去路。小恐龙尝试用自己的力量冲击结界，却被反弹受伤。阿果仔细研究结界纹路，发现需要特定的能量石才能打开。经过一番搜寻，他们终于在山脚下的洞穴中找到。
带着能量石返回结界处，将其嵌入对应的凹槽，结界缓缓打开。里面出现一座闪耀着七彩光芒的水晶塔，塔内的神秘力量流入大地，恐龙宝贝世界的各个角落焕发出新的生机，植物生长茂盛，动物们更加健康活跃。主人公们和小恐龙相视一笑，他们知道，新的美好时代即将开启。
然而，就在大家沉浸于喜悦之中时，天空忽然出现一道黑色裂缝，从中涌出一股黑暗力量。这股力量快速蔓延，所到之处花草枯萎，动物萎靡。小恐龙惊恐地看向龙翔等人，似乎预感到巨大的危险。
龙翔握紧拳头，大声喊道：“不管是什么，我们绝不能让这股黑暗破坏现在的和平。”
阿果迅速从背包里拿出各种工具，试图分析这股黑暗力量的来源。风龙载着他们飞向黑暗力量的核心区域。
途中，他们遇到一群被黑暗侵蚀的变异生物攻击。小恐龙挺身而出，利用新获得的力量净化部分生物。
到达核心区后，发现一个散发着幽黑光芒的魔晶。小恐龙尝试吸收魔晶的力量，却被反制。关键时刻，阿果想到利用之前得到的能量石与魔晶对抗。众人齐心协力，将能量石嵌入魔晶旁边的缝隙。魔晶渐渐黯淡，黑暗力量随之消散。恐龙宝贝世界终于摆脱危机，主角们继续守护着这个美
