高层的决断如同按下了一个无形的加速键。
在“方舟”一期工程紧锣密鼓地推进，选址地开始平整土地、规划基建的同时，另一项同样关键的“特批”也以惊人的速度落地。
在国家生物计算平台专项领导小组的协调下，陆时羡及其核心团队获得了临时性的、高优先级的权限，可以远程访问并调用位于梁溪国家超算中心的、现役的“神威·太湖之光”超级计算机的部分计算资源，专门用于“枢纽蛋白”项目的紧急攻关。
这无疑是在“方舟”这艘定制化航母建成下水前，先为他们调拨了一艘现役的、性能强大的核动力巡洋舰，以解燃眉之急。
当赵栋带领的计算团队，首次通过加密专线连入“神威”的系统时，即使他们早有心理准备，也依然被这台国之重器所展现出的磅礴算力所震撼。
巨大的监控屏幕上，代表计算节点运行状态的灯海以令人目眩的速度闪烁，实时显示的浮点运算能力稳定在亿亿次级别。这与他们之前使用的“鸿蒙”集群相比，简直是天壤之别。
“院长，我们已经获得了‘神威’上共计512个计算组的临时独占权限，峰值性能接近1.5 Exaflops！”赵栋梁的声音因激动而有些颤抖。
“这比我们之前所有的计算资源加起来，还要高出两个数量级！”
然而，震撼之后，是更为严峻的挑战。
“神威”采用的是独特的申威众核处理器架构，其编程模型、内存层次、编译器环境都与国际上主流的x86+GpU架构有着显着差异。
而陆时羡团队之前为基于x86和部分GpU开发和优化的类如如GRomAcS, NAmd的并行计算程序、分子动力学模拟软件以及自定义的分析脚本，无法直接在“神威”上运行。
“这就像突然给了我们一架最先进的航天飞机，但我们手里只有开拖拉机的驾照。”计算研究组内一位年轻的计算生物博士苦笑着比喻。
面对挑战，陆时羡没有丝毫犹豫。
他立即在研究院内成立了“神威平台紧急攻关小组”，由赵栋梁负责，并专程从江南计算技术研究所请来了几位对“神威”架构有深入理解的专家进行联合攻关。
接下来的几周，计算中心的灯光几乎彻夜长明。
攻关小组面临的首要任务，是软件生态的移植与适配。
这并非简单的重新编译，而是需要对代码进行深度的重构和优化，以充分利用“神威”处理器上大量的运算核心和特定的指令集。
“我们必须把一个大任务，分解成成千上万个能在这260个核心上高效并行跑起来的小任务，”赵栋梁向团队成员解释：“这涉及到算法层面的重新设计，而不仅仅是在代码里加几条并行指令那么简单。”
他们选择了几个最核心、计算最密集的应用作为突破口：
分子动力学模拟的重构：传统的模拟软件在“神威”上效率极低。
团队与计算所的专家合作，针对SFR-1与GpcR、SNARE可能形成的复合物体系，重写了关键的计算内核，特别是用于计算范德华力和静电相互作用力的短程和长程作用力计算部分。
他们利用“神威”的众核优势，将空间分解算法发挥到极致，使得模拟数百万原子体系的速度提升了数十倍。
艾里森留下的动态网络模型是寻找枢纽蛋白的关键理论工具，但其原本的并行效率不高。
团队对模型进行了彻底的剖析，将网络中节点状态的更新、相互作用的计算等任务，极其精细地划分并映射到“神威”的数千个核心上，实现了近乎线性的加速比。
这使得他们能够处理比之前庞大复杂十倍的蛋白质相互作用网络
