随着上杉军将京都各处的火灾扑灭，以及将京都的治安稳定下来后，上杉清定可没有无视到京都周边发生饥荒的问题。
于是，清定便下令从若狭、越前、越中、美浓、尾张等治下领国之中的存粮调出，用于借贷给京都周边的百姓。
清定的决断下达后，宇佐美定满、长野业正、新发田长敦、直江景纲、大熊朝秀、樋口兼丰等家中重臣们纷纷表示反对，并表示京都周边百姓贫苦，恐怕不能偿还。
对此，清定并没有采纳，反而解释道：“洛阳、长安既然收复，那么周边之民那都是余的孩子啊！哪有孩子倒悬而父不为之解救的！谁说要他们必须要还的？！”
清定深知京都遭到频繁的兵燹后，周边百姓早已是衣不蔽体、食不饱腹，几乎是每天在生死的边缘挣扎着。真要让他们如数归还那些借贷出去的粮食，难度是堪比登天。
当然，也有人质疑清定此举，他这般高风亮节，为什么不直接送呢？反而是要以借贷的方式放粮呢？
在清定看来，直接送就救不了那么多人了。
只有知道借贷需要还，才会借恰到好处的粮食，才会省着吃，才会让粮食救更多的人。
实在还不上是可以免的，但白送的粮食会遭到巨大的浪费，也起不到赈济的作用。
顺应人性，别挑战人性，北宋时期的王安石就不懂这个道理。
随后，上杉家就开始对俘虏的伪朝高层进行清算。
伪关白二条晴良、伪内大臣九条稙通、伪大纳言今出川公彦、伪右大臣花山院家辅、伪权大纳言高仓永相、伪大纳言广桥国光、伪权大纳言庭田重保、伪阴阳头勘解由小路在富等伪朝高位公卿们因协助三好家、六角家行谋朝篡位之事，并支持伏见宫一族入主禁里御所，清定便下令将这些人尽数押至加茂川东岸，当着三好家重臣岩成友通的面斩首示众，以此来警示世人，这就是依附、亲近三好家谋朝篡位的下场。
要知道，京都一带从未有过如此规模遭到处刑的天潢贵胄、公家名门，甚至是皇室旁系。放在整个扶桑历史上都是极为罕见的。
之所以清定不选择将行刑之处设置在禁里御所应天门外的朱雀大街上，是因为官军的兵锋与三好家所占据的山城一隅之地只隔着一条加茂川。
加上三好军已经在山科原之战中遭到重创，连山城都快保不住了，哪里还有余力去管伏见宫一族以及伪朝的高位公卿？
在宇都宫定纲的一声令下，这些往日衣着光鲜、身份尊贵之人在转瞬之间纷纷人头落地。之后，首级还被放置在加茂川东岸附近示众。
固守在胜龙寺城的岩成友通看得是心惊肉跳，几乎肝胆俱裂。
岩成友通深知仅凭胜龙寺城中的近千残兵败将根本不是挟大胜之余威的上杉军敌手，便在处刑当天夜里带着三好长庆的尸体弃城逃往摄津越水城。
眼见岩成友通都弃城而逃后，三好祐长、三好盛长、三好盛政、三好远江守等三好家同族重臣们也纷纷效仿，紧随其后，一矢不发的就放弃了岚山城、革岛城、淀城、山崎城等邻近山城、摄津两国境目地带的城池兵砦。
即便上杉家已经处决了以二条晴良、九条稙通、今出川公彦、花山院家辅、高仓永相、广桥国光、庭田重保、勘解由小路在富等人为首的伪朝高位公卿，但依旧没有放过他们的家眷，清定直接将这些逆臣的家眷子嗣尽数流放至虾夷地，交由松前家进行看管。
起初，正亲町天皇是有意赦免那些伪朝高位公卿的。若是这些人真被上杉家尽数处决了，那么之后的朝廷岂不是为之一空？将来朝廷里不就只剩下亲上杉家的公卿了吗？
为此，正亲町天皇还特意让近卫前久出面
