仙武学院的演武场危机解除后，王丹与凌辰等人意识到，圣域残余势力如同附骨之疽，若不彻底剿灭，终将成为心腹大患。学院长老会经过商议，决定赋予他们 “肃清特使” 的身份，允许他们调动学院半数资源，在一年内彻底清除仙武大陆上的圣域余孽。这一年，成了仙武学院众人从 “赛场强者” 蜕变为 “大陆守护者” 的关键历程。
剿灭行动的第一站，是位于大陆西部的 “黑风要塞”—— 这里曾是兰青琳的秘密据点，如今被圣域残余的 “蚀魂卫” 占据，卫队长是化神初期的邪修林煞，手中握着兰青琳遗留的 “蚀魂魔镜”，能操控数万怨灵发动攻击。
当王丹一行人抵达要塞时，只见要塞上空笼罩着黑紫色的怨灵雾，无数平民被囚禁在要塞内，生命力正被怨灵雾缓慢吞噬。“不能等，必须速战速决！” 凌辰率先发动攻击，九元龙血枪泛着金色光芒，“丹械合一・神械灭世” 的枪芒刺破怨灵雾，在要塞墙壁上轰出一道缺口。
王丹则召出天启神将・无双与天罚者，两具机甲同时发动技能：“天启领域” 展开，金色光芒净化着周围的怨灵；“天道裁决” 的光柱直冲要塞核心，击碎了蚀魂魔镜的防御屏障。“项羽英魂，出战！” 项羽手持翡翠龙纹枪，霸王枪芒横扫，将冲来的蚀魂卫尽数击溃。
白灵儿、墨泉、银星岚也同时发力：白灵儿的 “符阵・万符归一” 引爆，金色符箓光雨驱散怨灵；墨泉的墨眉剑融入灭神阵，玄铁锁链缠住林煞的四肢；银星岚操控三具机魂军神将，曙光神将的净化光焰灼烧怨灵，海灵神将的水龙弹冲击要塞防御，鬼毒神将的毒雾则封住蚀魂卫的退路。
林煞见状，疯狂催动蚀魂魔镜，数万怨灵凝聚成一头 “怨灵魔神”，朝着众人扑来。“祖龙血脉，完全爆发！” 王丹体内金色龙气暴涨，祖龙虚影环绕周身，“龙皇十绝・第六式・龙陨灭世！” 黑色龙形能量体带着祖龙威压，与怨灵魔神碰撞，金色龙威瞬间净化了半数怨灵。“三大法器・浑天寂灭！” 天星、龙晶、天罗珠融合成一道三色光柱，彻底击溃怨灵魔神，林煞也被光柱击中，化作黑紫色能量消散。
接下来的半年里，王丹等人辗转大陆各地，先后肃清了 “毒瘴沼泽” 的毒系余孽、“雷霆峡谷” 的异化兽群、“幽冥窟” 的邪修据点。每一场战斗，他们的配合都越发默契：凌辰的三大神位之力逐渐融合，能同时操控丹火、机甲与阵法；白灵儿的符箓术与灵犀的辅助能力结合，能绘制出 “灵犀符阵”，大幅提升团队战力；墨泉的墨眉剑解锁了 “墨家禁术・天地同寂”，可短暂封印对手灵力；银星岚的机魂军神将则新增了 “机魂合体” 能力，三具机甲能融合成一具 “混元神将”，战力堪比化神中期。
当最后一处圣域余孽据点 “血色祭坛” 被摧毁时，仙武大陆的天空终于恢复了往日的清澈，而王丹等人的修为，也在无数场战斗中积
